其地下部分的块状根茎，长10-14cm、直径在最宽部分3-5cm，周长为15cm；形似小萝卜，自然界发现有两种类型的颜色，黄色和紫色，质地稠密具有一定硬度。植物的须根呈白色，长达15cm，在各个方向上大量延伸，具有刺激性气味。叶子呈条形，其长度为20-23cm，具齿痕，叶形二回羽状分裂，长8-13cm，宽3cm，生长垂向地面。叶柄很结实，可达到的长度超过10cm，二级茎形成分枝，长10-16cm。总状花序生于花葶顶端，花葶上部分枝，花小。果实短桶状，内含1粒种子。
玛卡主要的利用部位是根，在植株开花前挖取块根，洗净，鲜用或干燥备用。玛卡根通常经阳光晒后可以使用。成熟的玛卡根为膨大的类似芜菁甘蓝的根，直径2-8厘米不等，新鲜的玛卡根水分含量很大。玛卡根的膨大部分外表颜色类似马铃薯的乳黄色，但并不固定，会由于产地和基因型的不同有多种颜色，包括黄色、白色、微黄色、白色略带桃色、白色略带紫色、灰白色和红色。玛卡根具有淡淡的甜味和特殊的咸奶油味，同时散发出一种特殊的芳香气味。